Spéciation et hybridation
L'étude de la spéciation est un sujet important de notre laboratoire. Nous nous intéressont à la reconstruction phylogénétique d'espèces proches parentes et au développement de méthodes permettant d'étudier l'évolution des espèces. De plus nous nous intéressons aux méthodes permettant d'estimer les arbres d'espèces à partir d'arbres de gènes ainsi qu'au processus qui produisent des arbres de gènes incongruents. Dans ce contexte, la détection d'évènements d'hybridation est un sujet qui nous intéresse particulièrement.
Importance de l'hybridation en évolution
L'hybridation, ou la fécondation de deux espèces, est un phénomène évolutif fréquent chez les plantes. Cependant, il est parfois difficile de bien évaluer son importance dans un groupe donné puisqu'il est difficile de trouver des évidences convaiquantes d'hybridation. Récemment, j'ai développé une méthode (Joly et al., 2009), implémentée dans le programme JML (Joly, 2012), permettant de d'identifier statistiquement des phénomènes d'incongruence d'arbres phylogénétiques causés par un événement d'hybridation plutôt que par des phénomènes d'assortiment alléatoire des allèles, communément appelé dérive génique.
Phylogénie, arbres d'espèces et radiations d'espèces
La reconstruction de l'histoire évolutive des espèces est un thème important du laboratoire, en particulier pour les espèces proches parentes comme celles de radiations d'espèces. De grands progrès ont été effectués dans ce domaines ces dernières années et il est maintenant possible d'utiliser des méthodes probabilistiques pour reconstruire des arbres d'espèces à partir d'arbres de gènes qui peuvent être incongruents entre-eux. Nous utilisons donc de telles méthodes afin de reconstruire l'évolution des espèces. Nous développons aussi des outils qui aident à comprendre l'évolution des espèces (Joly et Bruneau, 2006, 2009; Joly, Stevens et van Vuuren, 2007).